Может ли физическое лицо – продавец ценных бумаг включить в состав расходов суммы, уплачиваемые за услуги по ведению реестра ценных бумаг?

Да, может. Расходами по операциям с ценными бумагами признаются документально подтвержденные и фактически осуществленные налогоплательщиком расходы, связанные с приобретением, реализацией, хранением и погашением ценных бумаг, с исполнением и прекращением обязательств по таким сделкам, в том числе: -оплата услуг лиц, осуществляющих ведение реестра.

Источник: Пункт 10 статьи 214.1 Налогового кодекса Российской Федерации

Вопросы заданы на сайте налоговой службы(ФНС). Источник тут(сайт nalog.ru).